trx羥胺切割位點

1. 基因突變的分類方法

substitution（替換）和delection/addition(添加/缺失），估計就是鹼基置換、移碼、缺失和插入，只是翻譯不同，這種分類有點籠統了，適合用於定義{基因突變是指DNA分子中發生鹼基對的替換、增添和缺失，而引起的基因結構的改變，它包括單個鹼基改變所引起的點突變（point mutation），或多個鹼基的缺失、重復和插入。}

不過更籠統的是按照遺傳信息的改變方式，分為錯義、無義兩類。

我看的分類復雜點。我看過的是類似是這個分類，你去看下網站。好象是上海一個大學的。

基因突變的類型
http://genetics.sjtu.e.cn/genetics/21.01.htm

突變的原因

http://genetics.sjtu.e.cn/genetics/21.02.htm

根據基因結構的改變方式不同，可將基因突變分為四種類型：
（1）點突變 由某位點一對減基改變造成的。其包括兩種形式：轉換和顛換。點突變的不同效應為：①同義突變；②錯義突變；③無義突變；④終止密碼突變。
（2）移碼突變 某位點增添或減少1～2對鹼基造成的。
（3）缺失突變 基因內部缺失某個DNA小段造成的。
（4）插入突變 基因內部增添一小段外源DNA造成的。

基因突變是隨機發生的。它可以發生在生物個體發育的任何時期和生物體的任何細胞。一般來說，在生物個體發育的過程中，基因突變發生的時期越遲，生物體表現突變的部分就越少。例如，植物的葉芽如果在發育的早期發生基因突變，那麼由這個葉芽長成的枝條，上面著生的葉、花和果實都有可能與其他枝條不同。如果基因突變發生在花芽分化時，那麼，將來可能只在一朵花或一個花序上表現出變異。
基因突變可以發生在體細胞中，也可以發生在生殖細胞中。發生在生殖細胞中的突變，可以通過受精作用直接傳遞給後代。發生在體細胞中的突變，一般是不能傳遞給後代的。
基因突變在生物界中是普遍存在的。無論是低等生物，還是高等的動植物以及人，都可能發生基因突變。基因突變在自然界的物種中廣泛存在。例如，棉花的短果枝、水稻的矮桿、糯性，果蠅的白眼、殘翅，家鴿羽毛的灰紅色，以及人的色肓、糖尿病、白化病等遺傳病，都是突變性狀。自然條件下發生的基因突變叫做自然突變，人為條件下誘發產生的基因突變叫做誘發突變。

絕大多數的人類遺傳病，就是由基因突變造成的，這些病對人類健康構成了嚴重威脅。又如，植物中常見的白化苗，也是基因突變形成的。這種苗由於缺乏葉綠素，不能進行光合作用製造有機物，最終導致死亡。但是，也有少數基因突變是有利的。例如，植物的抗病性突變、耐旱性突變、微生物的抗葯性突變等，都是有利於生物生存的。

2. 精確基因突變類型的方法是

1. PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非這性聚丙烯醯胺凝膠上，短的單鏈DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同構象，一個鹼基的改變將影響其構象而導致其在凝膠上的移動速度改變。其基本原理為單鏈DNA在中性條件下會形成二級結構，這種二級結構依賴於其鹼基組成，即使一個鹼基的不同，也會形成不同的二級結構而出刺同的遷移率。由於該法簡單快速，因而被廣泛用於未知基因突變的檢測。用PCR-SSCP法檢測小於200bp的PCR產物時，突變檢出率可達70％-95％，片段大於400bp時，檢出率僅為50％左右，該法可能會存在1％的假陽性率。應用PCR-SSCP法應注意電泳的最佳條件，一般突變類型對檢測的靈敏度無大的影響，同時該法不能測定突變的准確位點，還需通過序列分析來確定。Sarkar等認為對於大於200bp的片段，用其RNA分子來做SSCP會提高其錄敏度。應用PCR-SSCP檢測點突變已見報道於人類大部分的腫瘤組織或細胞，如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。檢測的基因包括多種癌基因及抑癌基因，也是檢測抑癌基因p53突變最常用的方法，僅檢測第5-8外顯子即可發現85％以上的p53基因突變。由於該法簡便快速，特別適合大樣本基因突變研究的篩選工作。

2. 異源雙鏈分析法（HA） HA法直接在變性凝膠上分離雜交的突變型一野生型DNA雙鏈。由於突變和野生型DNA形成的異源雜合雙鏈DNA在其錯配處會形成一突起，在非變性凝膠中電泳時，會產生與相應的同源雙DNA不同的遷移率。該法與SSCP相似，所不同的是SSCP分離的是單鏈DNA，HA法分離的是雙鏈DNA，也只適合於小片段的分析。但HA對一些不能用SSCP檢出的突變有互補作用，兩者結合使用，可使突變檢出率提高到近100％。

3. 突變體富集PCR法（mutant-enriched PCR）本法的基本原理是利用ras基因家族某個密碼子部位存在已知的限制性內切酶位點，如K-ras基因第12密碼子的BstNI位點，第13密古巴子有BgⅠⅡ位點。用鏈續二次的巢式PCR來擴增包括K-ras第12、13密碼子的DNA片段，在兩次擴增反應之間用相應的內切酶消化擴增的DNA片段，野生型因被酶切而不能進入第二次PCR擴增，而突變型則能完整進入第二次PCR擴增並得到產物的富集。

4. 變性梯度凝膠電泳法（denaturing gradinent electrophoresis,DGGE） DGGE法分析PCR產物，如果突變發生在最先解鏈的DNA區域，檢出率可達100％，檢測片段可達1kb，最適圍為100bp-500bp。基本原理基於當雙鏈DNA在變性梯度凝膠中進行到與DNA變性濕度一致的凝膠位置時，DNA發生部分解鏈，電泳適移率下降，當解鏈的DNA鏈中有一個鹼基改變時，會在不同的時間發生解鏈，因影響電泳速度變化的程 而被分離。由於本法是利用溫度和梯度凝膠遷移率來檢測，需要一套專用的電泳裝置，合成的PCR引物最好在5`末端加一段40bp-50bp的GC夾，以利於檢測發生於高熔點區的突變。在DGGE的基礎上，又發展了用濕度梯度代替化學變性劑的TGGE法（溫度梯度凝膠電泳temperature gradient gelelectrophoresis,TGGE）。DGGE和TGGE均有商品化的電泳裝置，該法一經建立，操作也較簡便，適合於大樣本的檢測篩選。

5. 化學切割錯配法（chemical cleavage of mismatch,CCM）CCM為在Maxam-Gilbert測序法的基礎上發展的一項檢測突變的技術，其檢測突變的准確性可與DNA測序相仿。其基本原理為將待測含DNA片段與相應的野生型DNA片段或DNA和RNA片段混俁變性雜交，在異源雜合的雙鏈核酸分子中，錯配的C能被羥胺或哌啶切割，錯配的T能被四氧化餓切割，經變性凝膠電泳即可確定是否存在突變。該法檢出率很高，也是檢片段最長的方法，已有報功檢測了1.7kb片段，如果同時對正、反義鏈進行分析，檢出率可達100％。應用熒光檢測系統可增強敏感度，可檢測到10個細胞中的1個突變細胞。該法中的化學試劑有毒，又發展了碳二亞胺檢測（catodiimide,CDI）,CDI為無毒物質，也可檢測大片段DNA的點突變。

6. 等位基因特異性寡核苷酸分析法（allele-specific oligonucleotide,ASO） ASO為一種以雜交為基礎對已知突變的檢測技術。以PCR和ASO相結合，設計一段20bp左右的寡核苷酸片段，其中包含了發生突變的部位，以此為探針，與固定在膜上的經PCR拉增的樣品DNA雜交。可以用各種突變類型的寡核苷酸探針，同時以野生型探針為對照，如出現陽性雜交帶，則表運河樣品中存在與該ASO探針相應的點突變，ASO需嚴格控制雜交條件和設置標准對照避免假陽性和假陰性。目前已有商品化的檢測盒檢測部分癌基因ASO突變。

7. DNA晶元技術（DNA chip） DNA晶元技術是90年代後發展的一項DNA分析新技術，它集合了集成電路計算機、激光共聚焦掃描、熒游標記探針和DNA合成等先進技術。可用於基因定位、DNA測序、物理圖譜和遺傳圖譜的構建等。在基因突變檢測方面DNA晶元也有廣闊的前景，其基本原理為將許多已知序列的寡核苷酸DNA排列在1塊集成電路板上，彼此之間重疊1個鹼基，並覆蓋全部所需檢測的基因，將熒游標記的正常DNA和突變DNA發別與2塊DNA晶元雜交，由於至少存在1個鹼基的差異，正常和突變的DNA將會得到不同的雜交圖譜，經過共聚集顯微鏡分別檢測兩種DNA分子產生的熒光信號，即可確定是否存在突變，該方法快速簡單、片動化程度高，具有很大的發展潛力，將在基因突變檢測中心發揮非常重要的作用。